Adding a script on mortality and age

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Jose 2022-07-16 14:12:29 -03:00
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commit 519a5ac11d
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@ -11,7 +11,7 @@
- [[./script/mort_CID10.Rmd][Compilado mortalidade por cem mil habitantes CID 10]]
- [[./script/world_mort.Rmd][Dados sobre mortalidade (valor absoluto) em vários países]]
- [[./script/mort_am_lat.Rmd][Taxa de mortalidade em vários países]]
- [[./script/mort_idade.Rmd][Mortalidade proporcional por faixa etária]]
** Dados
@ -23,6 +23,7 @@ Saúde do Brasil.
- [[https://opendatasus.saude.gov.br/dataset/sim-2020-2021][Dados de mortalidade 2021]]
- [[./data/mortalidade_CID_10.csv][Compilado dados mortalidade por causas - CID 10]]
- [[./data/pop_reg_2000_2020.csv][Compilado dados população brasileira]]
- [[./data/obitos_faixa_et.csv][Óbitos por faixa etária]]
- [[https://diaad.s3.sa-east-1.amazonaws.com/sim/Mortalidade_Geral+-+Estrutura.pdf
][Dicionário de dados mortalidade SIM]]
- [[https://databank.worldbank.org/metadataglossary/world-development-indicators/series/SP.DYN.CDRT.IN][Definição do indicador "mortalidade geral" - Banco Mundial]]
- [[https://databank.worldbank.org/metadataglossary/world-development-indicators/series/SP.DYN.CDRT.IN][Definição do indicador "mortalidade geral" BM]]

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@ -49,6 +49,8 @@ theme_set(theme_bw())
#' - Work with pieces of data, extracting only columns or rows you are interested
#' in
#' - Explore a database solution
#' - You could potentially process data weighing up to approximately 100
#' gigabytes and millions of observations.
#' - There are multiple resources to work with SQL and NoSQL databases in R
#' - Take a look at RPostgreSQL package for SQL integration
#' - Check the "mongolite" package for NoSQL integration

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@ -1,7 +1,7 @@
---
title: "Mortalidade população brasileira 2000-2019"
subtitle: "Categorizada por capítulo CID 10"
author: "José"
author: "José A Bran - https://ayuda.onecluster.org/"
date: "2021-04-22"
output:
flexdashboard::flex_dashboard:
@ -35,7 +35,7 @@ names(ob)
cols = names(ob)[2:21]
b = melt(ob,
id="CID 10",
id = "CID 10",
measure = cols,
variable.name = "Ano",
value.name = "Obitos")

90
script/mort_idade.Rmd Executable file
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@ -0,0 +1,90 @@
---
title: "Mortalidade população brasileira 2000-2019"
subtitle: "Proporção de óbitos por idade"
author: "José A Bran - https://ayuda.onecluster.org/"
date: "2021-04-22"
output:
flexdashboard::flex_dashboard:
orientation: rows
vertical_layout: fill
source_code: embed
runtime: shiny
---
```{r setup, include=FALSE}
library(flexdashboard)
library(ggplot2)
library(DT)
library(plotly)
library(dygraphs)
library(data.table)
```
Mortalidade proporcional por idade 2000 a 2019
```{r }
d <- fread("../data/obitos_faixa_et.csv", header = TRUE)
names(d)
```
```{r }
cols = names(d)[2:21]
d = melt(d,
id = "Faixa Etaria",
measure = cols,
variable.name = "Ano",
value.name = "Obitos")
d = d[`Faixa Etaria` != "Idade ignorada", ]
```
```{r }
da = d[, .(`Obitos ano` = sum(Obitos)), by = Ano ]
```
```{r }
dat = da[d, on = "Ano" ]# joining the data by year
dat[, `Mortalidade prop` := (Obitos/`Obitos ano`) * 100 ]
rm(d, da)
```
Recoding variable as factor
```{r }
levels = c("Menor 1", "1 a 4", "5 a 9", "10 a 14", "15 a 19", "20 a 29",
"30 a 39", "40 a 49", "50 a 59", "60 a 69", "70 a 79", "80 e mais")
dat[, `Faixa Etaria ord` := factor(`Faixa Etaria`,
ordered = TRUE,
levels = levels) ]
```
Mortalidade por idade 2000-2019
=======================================================================
```{r }
datatable(O_ID2, filter = 'top') %>%
formatRound('Mortalidade prop', 1)
```
Gráfico
=======================================================================
```{r }
g <- ggplot(dat, aes(`Mortalidade prop`, `Faixa Etaria ord`)) +
geom_col(aes(col = "red", fill = "red", alpha = `Obitos ano`)) +
theme_minimal() +
geom_vline(xintercept = 20, size = 0.2, col = "blue") +
geom_vline(xintercept = 5, size = 0.2, col = "blue") +
theme(legend.position = 'none') +
labs(x = "Mortalidade proporcional", y = "Idade - Anos") +
facet_wrap(~ Ano)
```
```{r }
ggplotly(g)
```