Adding a script on mortality and age
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4ca2aa626b
commit
519a5ac11d
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@ -11,7 +11,7 @@
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- [[./script/mort_CID10.Rmd][Compilado mortalidade por cem mil habitantes CID 10]]
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- [[./script/world_mort.Rmd][Dados sobre mortalidade (valor absoluto) em vários países]]
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- [[./script/mort_am_lat.Rmd][Taxa de mortalidade em vários países]]
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- [[./script/mort_idade.Rmd][Mortalidade proporcional por faixa etária]]
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** Dados
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@ -23,6 +23,7 @@ Saúde do Brasil.
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- [[https://opendatasus.saude.gov.br/dataset/sim-2020-2021][Dados de mortalidade 2021]]
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- [[./data/mortalidade_CID_10.csv][Compilado dados mortalidade por causas - CID 10]]
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- [[./data/pop_reg_2000_2020.csv][Compilado dados população brasileira]]
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- [[./data/obitos_faixa_et.csv][Óbitos por faixa etária]]
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- [[https://diaad.s3.sa-east-1.amazonaws.com/sim/Mortalidade_Geral+-+Estrutura.pdf
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][Dicionário de dados mortalidade SIM]]
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- [[https://databank.worldbank.org/metadataglossary/world-development-indicators/series/SP.DYN.CDRT.IN][Definição do indicador "mortalidade geral" - Banco Mundial]]
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- [[https://databank.worldbank.org/metadataglossary/world-development-indicators/series/SP.DYN.CDRT.IN][Definição do indicador "mortalidade geral" BM]]
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@ -49,6 +49,8 @@ theme_set(theme_bw())
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#' - Work with pieces of data, extracting only columns or rows you are interested
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#' in
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#' - Explore a database solution
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#' - You could potentially process data weighing up to approximately 100
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#' gigabytes and millions of observations.
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#' - There are multiple resources to work with SQL and NoSQL databases in R
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#' - Take a look at RPostgreSQL package for SQL integration
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#' - Check the "mongolite" package for NoSQL integration
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@ -1,7 +1,7 @@
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title: "Mortalidade população brasileira 2000-2019"
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subtitle: "Categorizada por capítulo CID 10"
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author: "José"
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author: "José A Bran - https://ayuda.onecluster.org/"
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date: "2021-04-22"
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output:
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flexdashboard::flex_dashboard:
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@ -35,7 +35,7 @@ names(ob)
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cols = names(ob)[2:21]
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b = melt(ob,
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id="CID 10",
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id = "CID 10",
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measure = cols,
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variable.name = "Ano",
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value.name = "Obitos")
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@ -0,0 +1,90 @@
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title: "Mortalidade população brasileira 2000-2019"
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subtitle: "Proporção de óbitos por idade"
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author: "José A Bran - https://ayuda.onecluster.org/"
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date: "2021-04-22"
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||||
output:
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flexdashboard::flex_dashboard:
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orientation: rows
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vertical_layout: fill
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source_code: embed
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runtime: shiny
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```{r setup, include=FALSE}
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library(flexdashboard)
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library(ggplot2)
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library(DT)
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library(plotly)
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library(dygraphs)
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library(data.table)
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```
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Mortalidade proporcional por idade 2000 a 2019
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```{r }
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d <- fread("../data/obitos_faixa_et.csv", header = TRUE)
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names(d)
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```
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```{r }
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cols = names(d)[2:21]
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d = melt(d,
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id = "Faixa Etaria",
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measure = cols,
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variable.name = "Ano",
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value.name = "Obitos")
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d = d[`Faixa Etaria` != "Idade ignorada", ]
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```
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```{r }
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da = d[, .(`Obitos ano` = sum(Obitos)), by = Ano ]
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```
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```{r }
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dat = da[d, on = "Ano" ]# joining the data by year
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dat[, `Mortalidade prop` := (Obitos/`Obitos ano`) * 100 ]
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rm(d, da)
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```
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Recoding variable as factor
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```{r }
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levels = c("Menor 1", "1 a 4", "5 a 9", "10 a 14", "15 a 19", "20 a 29",
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"30 a 39", "40 a 49", "50 a 59", "60 a 69", "70 a 79", "80 e mais")
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||||
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||||
dat[, `Faixa Etaria ord` := factor(`Faixa Etaria`,
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||||
ordered = TRUE,
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levels = levels) ]
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```
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Mortalidade por idade 2000-2019
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=======================================================================
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```{r }
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datatable(O_ID2, filter = 'top') %>%
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formatRound('Mortalidade prop', 1)
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```
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Gráfico
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=======================================================================
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```{r }
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g <- ggplot(dat, aes(`Mortalidade prop`, `Faixa Etaria ord`)) +
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||||
geom_col(aes(col = "red", fill = "red", alpha = `Obitos ano`)) +
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||||
theme_minimal() +
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||||
geom_vline(xintercept = 20, size = 0.2, col = "blue") +
|
||||
geom_vline(xintercept = 5, size = 0.2, col = "blue") +
|
||||
theme(legend.position = 'none') +
|
||||
labs(x = "Mortalidade proporcional", y = "Idade - Anos") +
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||||
facet_wrap(~ Ano)
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```
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```{r }
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ggplotly(g)
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```
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